منازعه بین علم و دین منازعه ای جدید است و عمری به تاریخ علم جدید دارد آیین بهایی دقیقا در اوج منازعه علم و دین پا به میدان نهاد و حکم به تطابق علم و دین داد آیین بهایی با این آموزه جدید سعی در باز کردن گره از کار فروبسته نزاع علم و دین دارد نزاعی که در آن روزگار تنها با حکم برتری یکی از طرفین دعوا (علم ویا دین) خاتمه می یافت اما پیشرفتهایی که در فلسفه علم و فلسفه دین روی داد دعوای علم و دین را از آن بحثهای کلی دور کرد و این مبحث در فضایی جدیدتر دنبال شد آنچه خواهد آمد ملاحظاتی نقادانه در باب تطابق دین با علم به عنوان یکی از تعالیم دوازده گانه بهایی است
1- هم علم و هم دین مفاهیمی کلی هستند سوال این است که مقصود از علم چیست؟ و مراد از دین کدام است؟ و این تطابق که به صورت کلی مطرح شده ناظر به چیست؟ آیا مقصود از علم علم تجربی است و یا شاخه های علوم انسانی چون روانشناسی و جامعه شناسی و … را نیز در بر می گیرد و آیا این تطابق بین تمامی گزاره های دینی با تمامی گزاره های علمی است؟ لذا مقصود دقیق از کلمات “دین، علم و تطابق” یا هماهنگی باید روشن شود.
2- بحث علم و دین اگر چه هم به علم مربوط است و هم به دین اما نه بحثی علمی است و نه دینی بلکه این بحث در حوزه فلسفه علم و فلسفه دین و یا کلام دینی می گنجد بنابراین تطابق دین و علم نمی تواند آموزه ای دینی باشد .
3- از نظر آیین بهایی علم است که باید با دین هماهنگ باشد یا دین باعلم؟ چرا که احکام علمی دائماً در تغییر هستند جهان علم جهان تغییرات و نقض ها و ابطالهای پی در پی است آیا آیین بهایی برای تطابق و هماهنگی با علم دائماً احکام خود را تغییر می دهد در باب علوم غیر تجربی و یا انسانی و تاریخی نظر این آیین چیست؟
4- بهاییان منظور از علم را در عبارت تطابق دین با علم و عقل را تمام آن چیزی می دانند که از عقل آدمی ناشی می شود… با این توصیف معنای عبارت فوق در این جمله خلاصه می شود که دیانت بهایی با هر چه آدمی فکر می کند و می اندیشد هماهنگ است اگر این چنین است چرا بهاییان دین خود را تبلیغ می کنند دین آنها با تمام آنچه در جهان است هماهنگ است.5- جریانهای فکری سالهاست از کلی گویی و انتزاعی اندیشی فاصله گرفته اند و به مطالعات دقیق انضمامی و تاریخی روی کرده اند کلی گویی اگر چه همیشه با بزرگ گویی همبسته بوده و موجب توجه مخاطب عام شده است اما در بازار علم و معرفت برای عبارات کلی و انتزاعی بهائی پرداخت نمی شود.