ظاهراً مک اوئن با تمایل و تصمیم خود بهائیت را ترک نکرده ، بلکه فشار و تهدیدهای جناح قدرتمند تندروها و بنیادگرایان بهائی، که از تحقیقات و نوشته‌های تاریخی او بیمناک بودند، منجر به کناره‌گیری شد . او حدود سال 1965، در ایرلند شمالی، به بهائیت پیوست و به‌زودی تبدیل به یک رهبر جوان جامعه بهائی شد. او در سال 1968 برای شرکت در صدمین سال انتشار «الواح بهاءالله به ملوک ارض» به حیفا دعوت شد.
او در آنجا نامه‌ای خطاب به بیت‌العدل نوشت و پرسید نمی‌دانم از چه راهی بیشتر می‌توانم به امر بهائی خدمت کنم؟ مطالعه و تلاش علمی در حوزه آکادمیک و دانشگاهی، و یا انجام مهاجرت تبلیغی؟ آنها در پاسخ به او نوشتند که هر دو راه و طریق ارزنده است. او مسیر ادامه تحصیل را انتخاب کرد و کارشناسی ارشد خود را در رشته مطالعات خاورمیانه، در دانشگاه ادینبورگ گذراند، و سپس برای اخذ دکترای خود به دانشگاه کمبریج رفت. او اولین فرد آکادمیک و دانشگاهی بود که با بهره‌گیری از امکانات و ابزارهای پژوهشی مدرن به مطالعه جنبش بابی پرداخت و نوشته‌های او آکنده از مطالب و یافته‌های جدید و ارزشمند است.
اشتباه اساسی مک اوئن این بود که همچنان به‌عنوان یک بهائی فعال در صحنه حاضر بود! زیرا جامعه بهائی، چه در سطح انگلستان و چه در سطح بین‌المللی، تحت نفوذ و استیلای بهائیان بنیادگرا و متعصب و فناتیک بود، و اگر یک فرد آکادمیک و پژوهشگر می‌خواست بهائی بماند، نباید خود را مطرح می‌کرد. ولی دنیس مک اوئن این کار را نکرد. او در مدارس تابستانه بهائی به سخنرانی و تدریس پرداخت. حتی یک‌بار مورد حمله شدید و وحشیانه ابوالقاسم فیضی قرار گرفت. یافته‌ها و نظرات و دیدگاه او تمام تصورات و ذهنیات جامعه بهائی محافظه‌کار انگلستان را زیر و رو کرد. او همچنین حمایت سران بهائی از دیکتاتورهایی همچون ژنرال پینوشه و بوکاسا را محکوم کرد. او با «حلقه مطالعاتی لس آنجلس» مکاتبه کرد و برخی از نامه‌هایش در خبرنامه آنها انتشار یافت (همان خبرنامه‌ای که پس از چندی با دستور مقامات بهائی تعطیل شد).
حدود سال 1980، اعضای تندروی بیت‌العدل، ایان سمپل و دیوید هوفمان، در حاشیه یک مدرسه تابستانه بهائی با مک اوئن ملاقات کرده، و از او خواستند تا ساکت شود، و دهانش را ببندد! لحن هوفمان مخصوصاً تند و زننده بود. ولی دنیس سکوت را نپذیرفت، و سرانجام ناچار شد جامعه بهائی را ترک کند. او از سوی افراد متعصب و مخالف علم و روشنگری، که در سلسه مراتب و تشکیلات اداری بهائی پست‌ها و مناصب را اشغال کرده بودند و حالا دیگر «مصون از خطا» شده بودند تحت فشار قرار گرفت! آثار و نوشته‌های دنیس مک اوئن درباره جوامع بابی و بهائی، از معدود آثار کاملاً علمی و تحقیقی و پژوهشی موجود می‌باشد. مسؤلان تشکیلات بهائی به جای قدردانی و حمایت از او، که سال‌های تحصیل خود را با سختی و تنگ‌دستی گذراند و به فراگیری زبان‌های عربی و فارسی همت گماشت، و به کشورهای خاورمیانه‌ی پرخطر سفر کرد، و همه این موارد برای خدمت به امر بهائی بود؛ با شدت و سبعیّت به او حمله کرد و او را آماج تهمت و بدنامی قرار دادند.
به‌دنبال جدایی دنیس مک اوئن از بهائیت، او مقالاتی درباره‌ی «مطالعات علمی در جامعه بهائی و نگاه غرب‌گرایانه حاکم بر مطالعات و تحلیل‌های آکادمیک و تاریخی» نوشت. لحن و تعابیر مورد استفاده او در مقالاتش برای بهائیان تهاجمی تلقی می‌شد. اساس مباحث و اختلاف نظر دو طرف هم «پیرامون اتکای مطالعات علمی غربی بر اسناد تاریخی، و غیر قطعی دانستن نصوص و نوشته‌های بهائی» می‌باشد (برای مثال نگاه کنید به مکاتبات بین موژان مؤمن و دنیس مک اوئن، در سال‌های 1982و1983، و نیز مکاتبات محمد افنان و ویلیام هچر با دنیس مک اوئن در خصوص مطالعات آکادمیک غربی و ریشه‌های بهائیت در سال 1985 (نشریه دین، شماره 15(1985)، صص 49-29 و پاسخ مک اوئن به آنها در شماره سال 1986 همان نشریه، با عنوان «بنیادگرایی و مطالعات آکادمیک جنبش بابی»!)
بیت‌العدل نیز در فوریه 1998 با صدور پیامی به یک فرد بهائی در موضوع مطالعات آکادمیک در حوزه بابی-بهائی با مقدس شمردن حیطه بهائی، آن‌را خارج از حوزه مطالعات علمی دانست!
داستان مک اوئن، داستان اکثریت روشنفکرانی است که قصد خدمت به بهائیت را داشتند. آنها ناچار شدند یکی از دو راه را انتخاب کنند: یا مبانی فکری فرقه‌گرایانه و قرون وسطایی را گردن نهند و دست از تفکر و اندیشه بشویند؛ و یا مورد حمله جناح تندرو و تندخوی بهائی قرار گیرند و اخراج شوند. تعداد بسیار اندکی، برای گریز از این دو سرنوشت ناگوار، لب از سخن بسته و گوشه عزلت گزیده‌اند! (خوان کول، به نقل از سانسور بهائی، فردریک گلیشر)